En el Perú, con Ley N° 29616, del 17 de noviembre de 2010, modificada por la Ley Nº 29840, se creó la Universidad Nacional Intercultural de la Selva Central “Juan Santos Atahualpa” como persona jurídica de derecho público interno, con pliego presupuestal propio; con sedes académicas en las ciudades de Pichanaki, localidad en la que se creará su primera carrera profesional, La Merced y Satipo. La Sede Administrativa y el Rectorado de la Universidad funcionarán en la ciudad de La Merced.
En diciembre del año 2013 se aprobó el Proyecto de Desarrollo Institucional de la Universidad Nacional Intercultural de la Selva Central “Juan Santos Atahualpa”, iniciándose sobre dicha base la implementación y desarrollo de la Universidad. La UNISCJSA asume en su Proyecto de Desarrollo Institucional la concepción de una Universidad Nacional e Intercultural, como marco conceptual; por tanto, excepcional en el desarrollo del pensamiento universitario. Esta concepción sigue la política intercultural del Estado Peruano. Si bien la Ley Universitaria N° 30220 no lo contempla a cabalidad, dicha concepción se halla incluida en la Constitución Política del Estado, que en su Art. 2°, Inciso 19, señala que “toda persona tiene derecho a su identidad étnica y cultural y el Estado reconoce y protege la pluralidad étnica y cultural de la nación”; y su Art.17° establece que “el Estado fomenta la educación bilingüe e intercultural según las características de cada zona, preserva las diversas manifestaciones culturales y lingüísticas del país y promueve la integración nacional”.
También, esta Universidad asume las exigencias de la Ley de Educación Bilingüe Intercultural Nº 27818, que en su Art. 1° “reconoce la diversidad cultural peruana como un valor y fomenta la educación bilingüe intercultural en las regiones donde habitan los pueblos indígenas” y el Art. 2° “sostiene que el Plan Nacional de Educación Bilingüe Intercultural debe incorporar, la visión y el conocimiento indígenas y que la educación para los pueblos indígenas debe ser igual en calidad, eficiencia, accesibilidad y en todos los demás aspectos previstos para la población en general”.
Asimismo, la Universidad asume la Declaración de las Naciones Unidas sobre los derechos de los pueblos indígenas, por ser el Estado Peruano miembro de dicho organismo internacional. Dicha declaración en su Art.1° refiere que “los indígenas tienen derecho, como pueblos y/o como personas”, y en su Art. 2°, establece que “los pueblos y las personas indígenas son libres e iguales a todos los demás pueblos y personas y tienen derecho a no ser objeto de ningún tipo de discriminación en el ejercicio de sus derechos, en particular la fundada en su origen o identidad indígena”. De igual modo, la universidad incorpora en su concepción las disposiciones del convenio número 169 de la OIT (Organización Internacional del Trabajo).
La Ley Universitaria N° 30220 determina entre sus fines en el Art.3°: 6.1) “preservar, acrecentar y transmitir de modo permanente la herencia científica, tecnológica, cultural y artística de la humanidad”; 6.5) “realizar y promover la investigación científica, tecnológica y humanista, la creación intelectual y artística”; 6.7) “afirmar y transmitir las diversas identidades culturales del país”. Estos valores nacionales y principios universitarios han sido considerados en la concepción de la UNISCJSA de manera destacada en todos sus procesos académicos.